Ceuta fue tomada a los árabes el 21-08-1415, por el rey portugués Juan I, que de forma directa dirigió la conquista, al mando de una potente flota de guerra formada por 33 galeras, 27 trirremes, 32 birremes y 120 pinazas, con 50.000 hombres (30.000 marinos y 20.000 infantes de tierra), en la que también participaron sus hijos los infantes Duarte, Pedro y Enrique.
La conquista de Ceuta por Portugal fue entonces bendecida por el Papa Martín V que alentó la expedición y avaló la conquista, declarando a Ceuta como "única ciudad de África que confiesa la fe cristiana, tercera parte del mundo". También los sucesivos Pontífices, en aquella época en que la Santa Sede ejercía tan poderosa influencia sobre los Estados cristianos de Europa, concedieron a Ceuta numerosas gracias, bulas y prebendas tras haberla conquistado.
Pero en 1580 sobrevino una crisis sucesoria, que comenzó cuando de que en 1578 falleciera sin dejar herederos del rey Sebastián I de Portugal y de su sucesor el rey-cardenal Enrique I, puesto que este último, lógicamente, no podía dejar descendencia por ser miembro de la Iglesia Católica. Antes de que las Cortes portuguesas decidieran el sucesor, Felipe II de España se anticipó a la decisión y, amparándose en su condición de ser hijo de Carlos I e Isabel de Portugal, se arrogó el derecho sucesorio y ordenó la invasión militar de Portugal. Si bien, antes, Antonio, prior de Crato se autoproclamó rey, pero sus escasas tropas fueron superadas por el ejército español en la Batalla de Alcántara (1580), y al año siguiente Felipe II fue reconocido como rey de Portugal.
Sin embargo, los lusitanos se rebelarían y proclamarían la independencia de Portugal de España en 1581, iniciándose el movimiento secesionista portugués para separarse de España que comenzó a cobrar fuerza a partir de 1625 y llegaría a su apogeo quince años después. Y así siguió hasta el 1 de diciembre de 1640, cuando un pequeño grupo de conspiradores portugueses asaltó el palacio real de Lisboa, depuso a Margarita de Saboya, virreina de Portugal y duquesa de Mantua, y defenestró desde una de las ventanas del palacio a su secretario de Estado, Miguel de Vasconcelos, quien perdió la vida en la caída. Aquel mismo día, el duque de Braganza fue coronado rey de Portugal, como Juan IV.
Aunque las plazas portuguesas de ultramar y del norte de África también se independizaron de la Corona de España, hubo una excepción, porque Ceuta se negó a compartir su destino con los portugueses y, a pesar de que su guarnición estaba formada por unidades lusitanas y su gobernador, Francisco de Almeida, era partidario del recién proclamado rey portugués Juan IV y el pueblo estaba muy descontento con el conde-duque de Olivares. Ceuta se mantuvo así leal a la corona hispana y su población juró fidelidad a Felipe IV ante el corregidor de Gibraltar, porque por entonces los ingleses todavía no nos habían robado el Peñón gibraltareño. Aquí nacería la españolidad de Ceuta, aunque todavía en precario, es decir, sólo de "hecho".
El 5 de febrero de 1641, el monarca nombró gobernador de Ceuta al español Juan Fernández de Córdoba, quien proclamó un perdón general y otorgó a Ceuta el título de Muy Noble y Muy Leal Ciudad; tres años más tarde, concedió a sus habitantes la ciudadanía española; y, por último, la agraciaría con el título de Fidelísima Ciudad mediante real cédula de 1656, en mérito a la lealtad que había mostrado con tal juramento a Felipe IV.
Tras la Guerra de Restauración portuguesa, que no finalizó hasta que el 13 de febrero de 1668, se firmó el tratado de Lisboa, cuyo artículo segundo dispuso que se restituyeran a sus antiguos reinos las plazas que se hubieran ocupado en el transcurso de la contienda, permitiéndose a sus moradores abandonarlas libremente con sus bienes, "con la única excepción de Ceuta, que quedaría en poder del Rey de España, por propia voluntad del pueblo ceutí, que expresamente pidió y votó permanecer del lado español, dejando por propia voluntad al reino de Portugal". Por dicho Tratado, Ceuta dejaría de ser en precario española, de "hecho", para pasar a adquirir ya su españolidad de "pleno derecho".
Anteriormente, el 10 de junio de 1655, la guarnición de Ceuta tuvo que hacer frente a un ataque capitaneado por uno de los pretendientes al sultanato de Marruecos, Muley Abbas Ben Bucar, quien intentó apoderarse de la ciudad al frente de un ejército de alrededor de 7.000 infantes y 150 jinetes a los que unieron unos 2.000 cabileños procedentes de la sierra de Anyera, pero serían rechazados por la artillería de la plaza.
Cuando Muley Ismael fue proclamado sultán de Marruecos en 1672, los Nacazis tuvieron que suspender sus relaciones con Ceuta, por temor a sus represalias, aunque se firmaría un nuevo acuerdo un año después en virtud del cual se realizó la demarcación del territorio ceutí, estableciéndose una zona en la que sus pobladores podrían apacentar ganado, recoger fruta y extraer madera, aunque aquel acuerdo estaría en vigor pocos meses. A partir de entonces, la hostilidad de los cabileños se incrementaría hasta llegar el sultán Muley Ismael a imponer un largo asedio que duró 33 años, de 23 de octubre de 1694 al 17 de marzo de 1727.
En realidad, cuando en 1580 Portugal quedó unido a España bajo la misma corona de Felipe II, tras haber hecho valer sus legítimos derechos de sucesión a la monarquía portuguesa como hijo que era de Carlos I e Isabel de Portugal, y tuvo para ello que llegar con las tropas españolas hasta Lisboa, pues ya Ceuta y Arcila optaron por ponerse del lado de España, mientras que Tánger y Mazagán, siguieron siendo fieles a Portugal.
La opción de Ceuta por España se debió a que, cuando en 1437, los portugueses perdieron la célebre batalla de Tánger, en la que murió el ya rey Sebastián de Portugal y su hermano Fernando quedó cautivo de los marroquíes que lo torturaron hasta su inhumana muerte y, entonces, empezó a debilitarse bastante la posición de Portugal, de manera que el infante Enrique, hasta entonces benefactor de los ceutíes, comenzó a centrar más su atención en apoyar expediciones marítimas por el resto del mundo, que por eso se le llamó Enrique El Navegante, aunque navegó muy poco.
A partir de entonces, las tropas portuguesas de Ceuta comenzaron a tener serios problemas de abastecimiento, retraso en la llegada de víveres, ropas y pagas de los militares que empezaron a sufrir mucha demora so pretexto de que la ciudad estaba muy distante de Lisboa y los distintos conflictos mantenidos por Portugal en varias de sus posesiones por el mundo hacían cada vez más difícil el pronto abastecimiento a las tropas ceutíes.
Y fue en 1580, que Felipe II comenzó a reinar también en Portugal y fue el propio rey el que tuvo mucho empeño en que los abastecimientos y suministros a Ceuta le fueran enviados desde Castilla (España) a través de Andalucía, principalmente desde Cádiz y Málaga. Igualmente, Felipe II, haciéndose eco de las numerosas protestas que le llegaban de los ceutíes sobre la falta de atención que Lisboa les prestaba, comenzó a practicar en Ceuta una política de apoyo, acercamiento y captación inteligente de voluntades de los ceutíes. Tales prerrogativas se mantuvieron también durante el reinado de Felipe III y Felipe IV.
En 1594 se declaró una epidemia de peste en Ceuta, en la que muchos ceutíes se morían sin que Portugal les facilitara el auxilio urgente y necesario; por lo que tuvieron que pedirlo a España, que por orden real inmediatamente les fueron enviados alimentos, socorros y auxilios necesarios con los que mejoró mucho su situación. Indudablemente, esto dejó a los ceutíes una huella de afecto hacia España muy marcada. La corona española atendió siempre con puntualidad y buena predisposición las necesidades de Ceuta en 1640, enviando mucho trigo a la ciudad, y en 1647 adjudicó las provisiones de alimentos y dinero a la Casa Montesinos, enviando 24.000 fanegas de trigo por importe de 225.562 reales y medio de vellón para atender provisiones, y 102.225 reales de plata para las tropas. En 1648 les fueron enviados otros 40.607 reales de plata para "socorros y otras cosas extraordinarias".
El 5-02-1641 fue relevado por Felipe IV, que envió a Ceuta al primer gobernador español, marqués de Miranda de Anta, Juan Fernández de Córdoba, haciendo regresar a Lisboa al Gobernador Almeida, al tiempo que se le incoaba la apertura de un juicio de residencia respecto a su labor gubernativa en Ceuta. Pero la nobleza ceutí se echó a la calle en apoyo de Felipe IV, siendo jaleado por el pueblo.
Todos aclamaron al rey Felipe IV, solicitándole el perdón a los ceutíes que se habían adherido al movimiento separatista de Lisboa, que le fue concedido el 14 de febrero, mediante el siguiente escrito: «Yo el Rey hago saber a los que este edicto vieren que la ciudad de Ceuta me ha pedido que en consideración de la fidelidad y lealtad con que siempre han procedido los caballeros y moradores derramando su sangre y empleando sus vidas en mi servicio, mandara usar con ellos de mi real clemencia concediéndoles perdón general de todas las culpas por las cuales está procediendo contra ellos el juez Bernardo de Sampayo de Moráis y que fuesen sueltos libremente sin pagar nada y que así se procediese con los castellanos que están presos por orden del Gobernador don Francisco de Almeida..."(sigue el texto, que no reproduzco completo en aras a la mayor brevedad). Y, asimismo, solicitaron y obtuvieron la ciudadanía española. Ceuta recibió como premio a su lealtad los títulos de Noble, Leal y Fidelísima Ciudad.
Desde Madrid se adoptaron medidas prioritarias para normalizar la vida ceutí. El primer gobernador español escribió una carta al rey el 13-10-1641 informando de la miserable situación del Ejército en Ceuta debido al retraso de las pagas durante los tres últimos años y a la carencia de ropas, existiendo mucho descontento entre los soldados. El rey, mediante carta de 27-01-1642, se comprometió a solucionar la situación, disponiendo el envío de soldados castellanos a Ceuta y repartiendo ropa entre el ejército en el otoño de 1642.
De este modo, la ciudad, entonces con unos 2.000 habitantes, contaba entre sus efectivos militares con 420 nuevas plazas de Infantería distribuidas en dos compañías (la nueva y la vieja) y 130 de Caballería. En el plano naval, tenían tres barcos de largas dimensiones, un bergantín de 14 remos por banda y tres fragatas. En el económico, se mantuvo el régimen de exención de derechos, aplicado siempre por Portugal a Ceuta. En 1644 Ceuta quedó exenta del servicio de millones, medida que se prorrogaría durante el período 1646 a1703. Y, a raíz de todos estos acontecimientos, las comunicaciones entre Ceuta y Portugal se interrumpieron y la dominación española sucedió a la portuguesa.
También solicitaron aquellos ceutíes el envío de moneda española acuñada, particularmente para el pago de la guarnición, al haberse dejado de recibir moneda portuguesa tras haber mostrado su lealtad a España. Se enviaron monedas con la efigie del rey español, cuyo valor era de tres reales de vellón y las «carillas» de real y medio. Si se atiende a motivos políticos, entre 1640 y 1641, Ceuta dejó de pertenecer a Portugal, y no porque pasara automáticamente a la Corona de España, sino porque decidió mantenerse fiel a Felipe IV.
Desde el punto de vista cultural, ya en aquella época resultaba notoria la semejanza y afinidad de Ceuta con las poblaciones del litoral meridional español, debido al traslado de gentes, especialmente militares, desde Andalucía, que por su mayor proximidad acudieron de forma continuada a la plaza ante el peligro de ataques fronterizos. En resumen, que la monarquía española atendió siempre con prestancia encomiable las necesidades de la Ceuta portuguesa, pese a estar por entonces España luchando en Italia, Flandes y media Europa. Y el apoyo económico resultó ser decisivo y determinante a la hora de granjearse plena lealtad de los ceutíes hacia la total españolización de Ceuta.