El alumnado de Ceuta es, de largo, el que más se inclina por estudiar Religión en las aulas. Solamente un 2,3% de los estudiantes de Primaria matriculados en centros públicos no se inclina por seguir la enseñanza de la religión católica o de alguna de las otras religiones con las que el Estado Español ha suscrito los correspondientes acuerdos (evangélica, judía e islámica), que se deberían impartir en el segundo ciclo de Infantil, Primaria, ESO y Bachillerato, tanto en centros públicos como privados. Tales enseñanzas son "de oferta obligatoria" para los centros y de carácter voluntario para el alumnado, pero en Secundaria en Ceuta no se puede cursar religión musulmana, por ejemplo.
En el conjunto del país el 29,4% de los alumnos de Primaria (el 7,3% en la ciudad autónoma) opta por no cursar religión de ningún tipo, porcentaje que crece hasta el 35,8% si únicamente se analiza su distribución en centros públicos, según los datos del informe 'Las cifras de la educación en España. Curso 2012-2013 (Edición 2015)' publicado por el Ministerio competente.
En los colegios públicos de Ceuta el 71% cursa religión islámica y solo el 26,8% católica.
En los centros privados-concertados el reparto, como su alumnado, es radicalmente distinto: el 77,7% opta por la segunda opción y el 22,3% elige no hacerlo por ningún credo.
En los institutos, donde no existe la opción musulmana, el 36% de los estudiantes se decanta por cursar la asignatura cristiana y el 37,7% por Historia y cultura de las religiones, mientras que la tasa de los que no tienen religión medra hasta el 26,1%, todavía muy lejos de la media de todo el país, que se sitúa en el 46,4%.
La matriculación en religión católica ha bajado del 75% en 1996, el primer año que la Conferencia Episcopal dio datos, al 52% en 2014, lo que representa un descenso de un tercio. En los centros religiosos concertados españoles el porcentaje se mantiene cercano al 100%. En los de titularidad civil, constituidos principalmente por cooperativas de profesores con ideario religioso o laico, el porcentaje ha caído más de 15 puntos y es del 69%, según las cifras de la Comisión Episcopal de Enseñanza y Catequesis.
La elección de Religión como asignatura, frente a la optativa de Valores Sociales y Cívicos aprobada en la última reforma educativa del PP (la LOMCE), disminuye en la pública conforme los alumnos crecen.
El 62,7% de estudiantes de Primaria la solicitó este curso pero el porcentaje se reduce a un 36,8% en ESO y a un 23,7% en Bachillerato