Problema en el embarque

El pasado día 8 del mes actual al tratar de realizar el embarque en el buque de la Compañía FRS en el trayecto de Algeciras a Ceuta, con billete de la misma cerrado en rotación de las 19.30 horas no se le permitió el embarque a mi esposa por tener el DNI caducado; si bien hasta aquí todo es normal, el motivo de mi carta a Vd. es el siguiente:

El pasado día 4 de los corrientes, por asuntos personales me desplacé a la Península en la compañía de mi esposa, como es preceptivo, antes de adquirir los pasajes de embarque me dirigí a la Oficina que el negociado de Registro e Información tiene en la Estación Marítima de esta Ciudad Autónoma, presentando nuestros DNI respectivos, nos expidieron el correspondiente Certificado de Empadronamiento para la bonificación de transporte marítimo; una vez realizada esta gestión el día 4 a través de la Agencia Trujillo, sita en la Estación Marítima adquirí dos pasajes ida y vuelta de la Compañía FRS, y viajé en el trayecto de ida el 05/12/2014 a las 09.00 horas y vuelta el 08/12/2014 a las 19.30 horas.
El día 5 y a la hora estipulada, tras el preceptivo requerimiento por parte de un miembro de la tripulación de nuestra documentación previa al embarque, este se desarrollo sin ninguna objeción por parte de dicho personal; pero al tratar de embarcar el día 8 , el miembro de la tripulación encargado de la misma gestión, no permitió embarcar a mi esposa, alegando la caducidad de su DNI, cosa por otra parte totalmente cierta pues llevaba aproximadamente un año caducado dicho documento.
Al tratar de hacerle la observación de que siendo cierto su caducidad de su DNI como que no pusieron objeción alguna en el trayecto Ceuta-Algeciras, realizado solo cuatro días antes, me contestó de forma desairada que no podía embarcar. Ante esta situación requerí, en los dos primeros minutos, a la empleada de la naviera que realizaba la gestión de solicitar el DNI de los pasajeros avisase a las autoridades de la Guardia Civil, ante la pasividad de la misma decidí embarcar para obligar al responsable del buque requerir la presencia de la autoridad a fin de desembarcar a mi esposa.
Presentándose cuatro agentes de la Guardia Civil a requerimiento del Capitán del Buque, de los cuales he de hacer constar el exquisito trato que nos brindaron en todo momento, para proceder al desembarco de mi esposa del citado buque de la compañía FRS, tras esta serie de  desafortunados acontecimientos, mi pregunta es la siguiente:
¿Cómo es posible que dejasen embarcar a mi esposa en el trayecto de ida Ceuta/Algeciras?
¿Por qué le expiden el Certificado de Empadronamiento a efectos de Bonificación en Transporte Marítimo, toda vez que está regulado que con el DNI caducado no se expedirá dicho documento?
Independientemente de las acciones legales que se van a llevar a cabo, he querido compartir con la ciudadanía está mala experiencia que, me consta, no soy el primero y me temo no ser el último en padecerla. Además quiero dejar constancia de que el barco continuó embarcando a pasajeros, con lo cual no hubo demora ni por mí ni por mi familia.