Ceuta, además de ser siempre una preciosa ciudad, también ha sido un punto muy estratégico en el Estrecho de Gibraltar que, sobre todo, en los primeros siglos de la invasión árabe de la Península Ibérica, adquirió gran protagonismo no sólo por el hecho de que a través de este lugar el célebre conde D. Julián facilitara el paso hacia el territorio español de las tropas musulmanas que lo invadieron y luego durante nada más y nada menos que 781 años en parte lo ocuparan, sino porque también tuvo por moradores a importantes personajes de las distintas dinastías que por entonces gobernaban lo mismo en España que en el Norte de África. De ahí también que siempre haya sido una ciudad tan codiciada tanto por los sarracenos como por los portugueses y por los españoles, porque siempre ha servido algo así como de cabeza de puente o lugar obligado de paso entre los continentes africano y europeo.
Durante su época musulmana, desde el puerto ceutí se llevaban a cabo todos los embarques, desembarques y aprovisionamiento de los ejércitos árabes que iban y venían de África a España, y también aquí se instalaron buena parte de las familias pertenecientes a las dinastías árabes que por entonces gobernaron a ambos lados del Estrecho. Por ejemplo, en Ceuta embarcó el cuerpo de ejército enviado por Moez, hijo y sucesor de Zeiri, el Califa de Córdoba y uno de los que tomaron parte, bajo las órdenes de Almanzor en la famosa batalla que los cristianos ganaron en Calatañazor, en la que por primera vez fue derrotado tan valiente guerrero tras haber permanecido invicto en 52 batallas anteriores contra los españoles. La muerte de Almanzor en Medinaceli el 9-08-1002 fue funesta para todo el imperio de los Omeyas, porque a partir de entonces el mismo naufragó hacia el desorden y la anarquía.
Los walíes (gobernadores) de Ceuta tomaron parte muy activa en las luchas civiles que estallaron a poco de la muerte del gran Almanzor, que fue brazos y cabeza de aquel Califato. Y en el año 1016, Alí ben Hamud, de Ceuta, y su hermano Alkasin, que gobernaba Algeciras, desembarcaron con sus huestes de Ceuta y Tánger en Málaga para reponer en el trono a Hixem II, que suponían vivo; pero que habiéndolo encontrado muerto, fue el mismo ceutí Alí ben Hamud, de la dinastía de los Isidri, el que fue proclamado nuevo Califa cordobés como sucesor del malogrado Hixem II. Sin embargo, el recién nombrado no fue reconocido luego por los demás walíes del Califato, y sus enemigos lo ahogaron en un baño el año 1017 y ahí comenzó la desunión y la lucha a muerte entre las distintas dinastías, porque los seguidores de Alí ben Hamud no se dieron por vencidos y proclamaron como nuevo Califa a Alkasim, hermano del asesinado. Y ello dio lugar a que se desatara una serie de turbulencias y luchas fratricidas entre las huestes árabes en las que casi siempre estuvo por medio Ceuta.
Así, Yahía, sobrino de Alkasin e hijo de Alí ben Hamud, salió de Ceuta donde residía y embarcó para España con un potente ejército que tenía por objetivo combatir a su tío que había sido proclamado Califa. Pelearon tío y sobrino y al fin hicieron las paces dividiéndose entre ambos el imperio de los Omeyas, aunque no sería por mucho tiempo. Yahía quedó en Córdoba y Alkasín prosiguió la guerra contra el hijo de Hixem II, muerto, que se hizo llamar Abderramán IV; recogió en Córdoba los restos mortales de su hermano Alí ben Hamud (ahogado en el baño) y los trajo a Ceuta donde le dio honrosa sepultura con grandes funerales. Pero ocurrió un suceso inesperado, y es que Yahía, hijo de Alí ben Hamud y sobrino de Alkasin, violó el pacto de paz firmado entre tío y sobrino, y en 1021 se proclamó único emperador de todo el Califato. De ello no se enteró Alkasin hasta que regresó de Ceuta a Málaga. Desde Málaga marchó con un potente ejército contra Córdoba para combatir al pérfido sobrino; pero Yahía no se atrevió a esperar a su tío y abandonó la capital cordobesa, prosiguió su lucha contra los dos competidores del Califato único y nuevamente se logró otro pacto, en virtud del cual Yahía quedaba como emir de Málaga, comprendiendo su emirato Algeciras, Ceuta y Tánger. Así de revuelta que andaban las cosas del imperio por la sucesión y enredados los emires en continuas guerras unos contra otros ya fuera en pro o en contra de los Omeyas, Yahía declaró la guerra al walí de Sevilla y en 1026 fue derrotado y decapitado dicho emir malagueño por los sevillanos.
Rota la unidad del imperio árabe en España y fraccionado éste en varios emiratos independientes, más fallecido en Mérida el destronado Hixem III, último vástago de los Omeyas españoles, los Edrisitas, o sea, la familia de los ben Alí y Ben Hamud de Ceuta, lograron conservar el emirato de Málaga que comprendía Ceuta y Tánger y tenía en África, a través de Ceuta, su principal fuente de apoyo. Pero, mientras los emires africanos y españoles se disputaban con sangrientas guerras del que había sido poderoso imperio de Córdoba, hacia 1026 surgió al otro lado del atlas un nuevo hombre extraordinario que acometió una gran revolución religiosa y política entre los mahometanos de África y España. Fue Abdallah ben Yassim, morabito o santón del Sur, que explicando a su manera los preceptos del Corán hizo muchísimos prosélitos entre quienes llamaron almorávides, que significa hombre de Dios o santones, sobre los cuales se distinguió el berberisco Yussuf ben Tachfin, quien a la muerte del nuevo profeta asumió la jefatura del partido.
Yussuf hizo una guerra implacable a los mahometanos disidentes y victorioso se apoderó del reino de Fez después de haber derrotado cerca de la montaña de Onegui, a unas doce leguas de Mekinéz a los disidentes de Zeiri que gobernaban allí siendo independientes de España. De Fez marchó a Tlemcen, se adueñó de toda la región y fundó lo que hoy es el reino de Marruecos. Sometió a las provincias del Magreb interior y atacó su litoral. El emirato de Málaga perdió así todo el territorio de África (Tánger, Ceuta, Melilla, Orán y demás ciudades hasta Bugía y Túnez inclusive) que pasó al dominio de Yussuf, quien volvió a Marruecos y se proclamó emir de los mahometanos y defensor de su religión. Pero no pararon ahí sus progresos. Los emires de la España mahometana que se habían repartido el imperio de Córdoba, mayormente los andaluces, excepto el de Málaga, y otros de la región Oriental, devorados por luchas internas y acosados por los cristianos que les iban cerrando el cerco, llamaron en su auxilio a Yussuf, habiendo sido su mayor entusiasta el emir de Sevilla Almotavid, quien vino a África y mantuvo una entrevista entre Ceuta y Tánger con el emperador de los almorávides, al que le dio la plaza de Sevilla, que quedó así anexionada al imperio de Marruecos.
Para llevar a efecto la tan solicitada intervención armada, Yussud, una vez más, hizo que Ceuta fuera punta de lanza y principal protagonista de los preparativos bélicos árabes, porque se embarcó en esta ciudad con un gran ejército y desembarcó en Algeciras el 30 de julio de 1086 enfrentándose a los cristianos en la batalla de Zalaca, a los que derrotó. Yussuf volvió a Marruecos, siendo recibido en Ceuta como victorioso, desde donde volvió a salir en varias ocasiones para Algeciras en 1088, 1089 y 1090. Esta última vez, emprendió la conquista de la España mahometana y destronó a todos los emires que no se le quisieron someter por las buenas. El mismo Almotavid, que con tanto entusiasmo había pedido antes su intervención, fue detenido y enviado preso a Marruecos, donde murió desterrado. Por su parte, el célebre Yussuf regresó a Ceuta, donde enfermó al poco tiempo de haber llegado, siendo conducido a Marruecos donde finalmente murió a los 100 años de edad y tras haber estado 40 reinando. En 1129, fue proclamado Califa Abdelmumen. Los almorávides fueron derrotados en todas partes, y Ceuta, que tanto había servido a su causa, fue arruinada e incendiada, aunque después nuevamente reconstruida.