Apenas se adentra uno en la historia de la civilización islámica del Al-Ándalus, se observa que la misma alcanzó cotas culturales muy elevadas que llegaron a su más alto esplendor durante el Califato de Córdoba con la dinastía de los Omeyas, tal como refiere Ibn Jaldun en “La Historie das Berberes” en cuya página 344 refiere que “las ciencias y las artes encontraban grandes apoyos y formaban un océano lleno hasta los bordes”. Para la enseñanza de la cultura de aquella época se utilizaban los templos y hasta las viviendas particulares de los maestros, algunos de los cuales compartían su vida e incluso sus alimentos con sus alumnos, como refiere el historiador Gillermo Golzálbes Busto en su libro La Enseñanza en la España Musulmana; habiendo sido el eje principal de aquella cultura musulmana el derecho coránico, como asimismo argumenta Monrgómery Walt en Historia de la España Islámica, que casi siempre era transmitido en las mezquitas. Por el contrario, las instituciones especiales para el estudio de las ciencias aparecieron en la época tardía.
El historiador de Ceuta D. Carlos Gonzalbes Cravioto, se refiere en un trabajo titulado la Madrasa Al-Yadida de Ceuta, publicado en 1980 en la revista Jábega de la Diputación Provincial de Málaga, a que entre las instituciones especiales de aquella época estaba la Madrasa, o Universidad islámica de Ceuta del siglo XIV, que era un centro de enseñanza superior que también solía servir de residencia de estudiantes; indicando dicho autor que en la Ceuta medieval existían dos de estos centros. La Madrasa al Sarri (vieja) y la Madrasa Al-Yadida (nueva), aunque se realizaran enseñanzas superiores en otras mezquitas, como las llamadas Aljama, Mahalla y Halfawiyyin; siendo la Madrasa-Al Yadida la que fue creada e institucionalizada por el sultán Abri-Hassan, que reinó de 1331 a 1351, según refieren los historiadores musulmanes Al Ansari e Ibn Marzuk. Su edificio estaba ubicado próximo a la Aljama, o mezquita mayor, cuyos vestigios todavía se conservaban en 1891, fecha en que fue derribada para la construcción en sus terrenos de pabellones militares que aun subsisten. Dicha Universidad fue fundada en tiempos de Almanzor.
Al Ansari, que fue un escritor áraba contemporáneo de la conquista portuguesa de Ceuta cuando todavía la ciudad era musulmana, la describe como “muy espaciosa, condecoraciones admirables, con columnas de mármol y múltiples revestimientos de elevado precio”. Su sala de abluciones era la más bella y mejor construida de Ceuta, “Comprende – decía – ocho cámaras y un gran estanque para las purificaciones. En cada habitación había una cubeta de mármol, en la que se vierte el agua por una tubería de bronce. El suelo está pavimentado con baldosas de piedra tallada y en medio hay un estanque revestido de azulejos coloreados. Su cúpula es compuesta, y entre sus adornos destaca la flor de camomila, que quien puede tomarla por natural, por lo bien hecha que está”. Tras la conquista portuguesa y por deseo del infante D. Pedro, que en el reparto fue a quien correspondió el edificio, fue convertida en iglesia dedicada al apóstol Santiago, según refiere Jerónimo Mascarenha. Según documentos extraviados, pero utilizados en su día por el antiguo cronista de Ceuta, D. Antonio Ramo de Espinosa, fue el año 1415, después de la conquista, cuando los antiguos locales de la Madrasa se destinaron a la capilla – ermita de Santiago – desde que fue depositado el Estandarte Real.
El historiador Correa da Franca refiere en su Historia de Ceuta que “se labraron a su costa (con bienes del infante D. Pedro) contiguo a ellas (a la ermita) todas las oficinas que necesita un convento y, una vez hechas, suplicó el infante al Papa Martín V que: “Erigiese en combento (se transcribe todo el texto con la misma ortografía que está escrita) de la religión de San Francisco la ermita de Santiago, y dicho Pontífice lo permitió expidiendo la Bula en Florencia a 2 de julio de 1420…inmediatamente binieron religiosos a habitar dicho Conbento”, según consta manuscritamente en la Biblioteca Nacional, legajo nº 9.741. Ejemplar a máquina en el Ayuntamiento. Pedro Acevedo la cita como capilla en 1457 en Documento das Cancillerías Reais anteriores a 1531 relativos a Marroccos, página 212. En los grabados de Ceuta de finales del siglo XV o principios del XVI (Civitates Orbis Terrarum de Georgius Braun. Colonia 1572). Más Gonzalbes Cabrioto refiere haberse tenido noticias de dicha capilla a finales del siglo XVI, en el que el enviado del sultán fue a Ceuta a negociar el rescate de cautivos y visitó la Madrasa, que todavía conservaba en el mihrab una inscripción árabe con la profesión de fe musulmana (Al Maqqari. Azbar al Riyad, pgs. 45-46).
En 1560 se edificó en el convento otra capilla, separada de la de Santiago, que constituiría el núcleo principal de la antigua Madrasa; esta nueva capilla fue derribada antes del siglo XVIII, dejando inalterable la de Santiago (correa da Franca). El convento adosado a la capilla pasó en 1568 de los franciscanos a los trinitarios (Mascarenhas). Este mismo autor en 1648 describía la capilla de Santiago como “obra de los moros: sustentándose en doze (se insiste en que se respeta la ortografía tal como lo escribe) columnas de mármol blanco con pedestales de mármol negro i asientos de lo mismo. Es obra de yeso i madera pulidamente labrada, em q´se conserva un patio grande labrado de piedras blancas, i grandes, i todo el sitio del es una cisterna de q´usa en aquel convento. A la entrada de la capilla ay dos piedras de jaspe con dos letreros en lengua arábiga, que vueltos en la nuestra, dice el uno: Bendito sea Dios i alabado q´se acabó esta obra para q´se enseñe el Corán de gracia a todos. Mándola hazer el fuerte, el guerrero contra el chistianismo, Joseph Beneab el Jah, hijo del rey Muley Buenan”. El otro letrero dice: “Bendito sea Dios q´se acabó esta obra en el mes de la pascua grande en el año 747. I por toda la casa alrededor están letreros del mismo yeso en lengua arábiga”.
En la transcripción de los letreros árabes de Mascarenhas, dice Gonzalbes Cravioto que ve una contradicción. Por un lado, la fecha de terminación de la obra, en marzo o abril 1347, correspondiendo con el reinado de Abrí-I-Hassan, y no con el de su hijo, aunque según nos dice más arriba, la hizo el sultán Joseph Beneab el Jali, hijo del rey Muley Beneam. Es probable que el sultán Abrí Inam, que luchó contra su hermano derrotándolo, o algún gobernador ceutí que quisiera congraciarse con su nuevo sultán, ordenase transformar esa inscripción y a eso se deba la discrepancia, cambiando el nombre de Abu-I-Hassan por el de Abrí Inam. Por su parte, Correa da Franca dice que el edificio destinado a convento fue ampliado en 1686. Durante el sitio de Muley Ismail, el 1-03-1695, según el “Sources inédites de l´histoire del Maroc”, uno de los dos cañones emplazados por los moros en el Morro de la Viña (actual Morro) echaron abajo la parte superior de la torre del monasterio, antiguo miranete. El convento sufrió grandes daños con los continuos bombardeos, pero no debieron afectar a la capilla de Santiago, ya que ésta conservaba aun sus establecimientos de madera de la época musulmana a finales del siglo pasado (Romero Barros, El ex convento de la Santísima Trinidad).
A finales del primer cuarto de siglo se renovaron los cimientos del convento y se mejoró la capilla de Santiago (Correa da Franca). Este autor describe la capilla como: “Muy hermosa, bien fabricada aula donde se explicaban diversas facultades, dividida en tres naves con columnas de mármol, bases y capiteles de piedras negras”. Y en el siglo XIX, D. Rafael Romero, hace la siguiente descripción: “Terminada esta segunda parte del vestíbulo en una puerta de moderna traza que da paso a un extenso patio y en lienzos de pared comprendidos entre el arco ya descrito y esta puerta, se notan aun marcados restos de una labor deliciosa de finísima yesería que, elevándose desde 1´30 metros del pavimento hasta tocar la techumbre, produce como generador elemento estrellas de 12 ángulos”. Igualmente describe otros ornatos. Tras su demolición, algunos restos de la Madrasa fueron al Museo Arqueológico de Cádiz. Otro conjunto de piedras de la Madrasa ceutí, son: 7 camicios y 5 capiteles en forma cúbica decorados con profusión a semejanza de los utilizados en la mezquita de Tlmenem (Luciem Galvin); un brocal de pozo en dicho Museo, procedente de Ceuta que se cree tiene la misma procedencia de los capiteles de la Madrasa.
El mihrab se sitúa al Este, pero de la zona ocupada por las tres naves. Este bello monumento conserva toda la hermosura y brillantez de los mejores en su género hispano-musulmán; fue demolido, al igual que otros muchos monumentos ceutíes, ante necesidades militares y otros por necesidades urbanas. De aquella importantísima Ceuta medieval, sólo quedan la torre merinida llamada el Heliógrafo (convertida en viviendas), los baños musulmanes y las murallas del Afrag.