El departamento de Microbiología y Análisis Clínico del Hospital Universitario de Ceuta ha comenzado a realizar, por primera vez en la ciudad, la secuenciación del genoma completo de muestras del SARS-COV2 (virus que provoca el Covid-19): “se trata de un hito sin precedentes para la entidad, que permitirá caracterizar el virus, conocer la cepa que está circulando por la ciudad y evaluar tratamientos personalizados frente a las variantes”, explican fuentes sanitarias.
Asimismo, comentan que una de las grandes ventajas de poder realizar la secuenciación genómica en el propio hospital y no tener que enviar las muestras a Madrid es que “se podrá tener una idea precisa de la variante que está circulando en Ceuta, con mayor celeridad”.
Este nuevo concepto Secuenciación de Nueva Generación (NGS) tiene un amplio abanico para el diagnóstico de enfermedades, y supone un “adelanto” para Ingesa en Ceuta ya que se podrá “no tratar la enfermedad, sino dar a los pacientes directamente un fármaco personalizado”, afirman desde la institución.
Este grupo de tecnologías NGS no sólo es importante para el campo de la Microbiología, sino también para el campo de la Medicina, con el diagnóstico de enfermedades genéticas, enfermedades raras, enfermedades huérfanas, diagnóstico molecular y para la elección de bienes terapéuticos en pacientes oncológicos.
En un vídeo explicativo, la facultativa especialista en bioquímica clínica del Hospital Universitario de Ceuta, Salomé Hijano Villegas, a parte de poner en valor la realización de la secuenciación en el propio hospital, comenta que este se trata de un proceso complejo. “Tres días de trabajo en el laboratorio y un cuarto día de análisis de datos con el objetivo de seguir comprendiendo el coronavirus”, destaca la especialista.
El primer paso para realizar es la extracción del ARN del virus. Se toma una muestra de una parte del cuerpo donde se acumula el virus de la Covid-19, por ejemplo, la nariz o la garganta; se le aplican diversas soluciones químicas para eliminar ciertas sustancias, como las proteínas y las grasas, y extraer solo el ARN de la muestra.
En segundo lugar, se debe hacer la retrotranscripción para obtener un cDNA. Esta técnica permite sintetizar DNA complementario (cDNA), a moléculas de RNA usando para ello la enzima transcriptasa reversa.
El tercer y el cuarto paso son la generación de librerías, y la secuenciación de estas. El secuenciador dará una lectura de los nucleótidos de miles de trozos de ADN. El secuenciador tarda, para hacer unas 20 muestras, unas 19 horas para realizar la secuenciación completa de los 20 genomas.
Por último, se obtienen los datos en bruto, una cantidad ingente de secuencias que deben de ser tratados. Para ello se cuenta con una de las tecnologías más punteras del mercado en secuenciación genómica masiva. Dicho esto, se deben de contrastar todos los datos, para ello se coge el genoma de referencia del SARS-COV2 y el genoma secuenciado, y se comparan.
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