Los trabajos de reforma de la iglesia de San Francisco comenzará en breve después de que la segunda fase del proyecto ya ha sido entregada. Esta fase consistirá en la sustitución de la cubierta y una intervención en el muro lateral, aquejado de humedades procedentes de las jardineras de la Plaza de los Reyes.
Desde que se determinaran los graves daños en la iglesia por los cuales el templo fue cerrado en febrero de 2009, dio comienzo el proceso de reforma que se inició en septiembre del pasado año con la primera fase de rehabilitación.
Primera fase
Esta fase acometió el micropilotaje de las diez columnas que sostienen el edificio, para permitir el afianzamiento de la cimentación, uno de los grandes problemas del templo dado el estado en que se encuentran los cimientos. Aquí también se contemplaba el picado total de las paredes, con el objetivo de reparar una de las zonas donde las humedades han atacado con mayor intensidad. Además, en el marco de esta reestructuración integral, se ejecutaba también la reconstrucción del coro, la solería, reparación de las ventanas o la instalación eléctrica completa, acabados necesarios una vez que concluya la obra principal.
A pesar de las obras que se vienen ejecutando desde hace más de un año, la iglesia recuperaba la normalidad oficiando las misas en el local de la cofradía de las Penas.
El párroco de San Francisco, Isidro Labrador, optaba por habilitar esta capilla provisional a tenor de la duración de la reforma que se acomete en el templo.