El San Agustín CF vuelve a la categoría en la que debutara en la temporada 2003/2004 manteniéndose unas temporadas hasta que pasó a ocuparla definitivamente el Ciudad de Ceuta.
En su camino, el equipo agustino dejó en sus vitrinas algún campeonato y también subcampeonato en la etapa de jugadores como Yunes, Coca, Chito, Hamza y compañía.
Ahora, el San Agustín decide regresar a la competición tras quedar campeón de Liga ante el Goyu-Ryu.
La pasada temporada también tentó la posibilidad de hacerse con un hueco en esta categoría, pero finalmente no se pudo conseguir.
Ahora, tras evaluar los costes que supondría tener al club en Liga Nacional y respaldado también por los dos títulos consecutivos cosechados y una buena generación de futbolistas que entra en la categoría, decide regresar a formar parte de la Nacional.